Мое предложение состоит в том, чтобы выгрузить блок скрипта в выходной файл и установить в нем переменную.
Определение массива фактически должно быть в коде javascript, который выводит страницу.
например, вам понадобится что-то вроде:
<script type="text/javascript">
var coords = new Array(2);
coords[0] = new Array(2);
coords[0][0] = 123.45;
coords[0][1] = 987.65;
coords[1] = new Array(2);
coords[1][0] = 234.56;
coords[1][1] = 876.54;
</script>
Существуют более эффективные способы статического создания этого массива, но это только пример.
Более эффективным способом (с точки зрения кода) было бы создание строки, определяющей буквенный массив, а затем выгрузка определения javascript. Вывод будет что-то вроде:
<script type="text/javascript">
var coords = [[123.45,987.65],[234.56,876.54]];
</script>
так что в вашем цикле внутри php вы должны создать строку, которая в конечном итоге будет содержать var coords = [[123.45,987.65],[234.56,876.54]]
. Вне вашего цикла вы оборачиваете его в блоки скриптов и выводите на страницу.