Поместите вашу DLL в аргумент package_data
вашего setup()
(подробности см. В разделе Установка данных пакета документации distutils).
Если вам нужно поместить DLL вне директории пакета, вы можете использовать опцию data_files
. Например, чтобы поместить его в каталог site-packages
:
import distutils.sysconfig
setup(
# [...]
data_files = [(distutils.sysconfig.get_python_lib(), ["/path/to/the/DLL"])],
)