Что ж, XNA Game Studio [GS] и Unity3D на самом деле не сравниваются, так как первый «всего лишь» - фреймворк, а второй - полноценный игровой движок с визуальным редактором и прочим.
Итак, XNA GS будет правильным выбором, если вы захотите сделать все самостоятельно, например, написать свой собственный графический рендерер, инфраструктуру игровой логики (в отличие от написания игровой логики только в Unity3D) и почти все остальное.
Unity3D был бы лучшим выбором, если вы хотите сконцентрироваться только на игре без необходимости написания большого (или вообще никакого) кода инфраструктуры.
Однако есть еще одна вещь, которую следует учитывать: если вы хотите, чтобы ваша игра работала на 360, вам, возможно, придется использовать XNA GS, поскольку Unity3D, похоже, не поддерживает публикацию Xbox LIVE Indie Games. Если вы используете широкий спектр целевых платформ (например, вне сферы Microsoft), то лучшим выбором будет Unity3D (Mono.Xna, хотя он и вернулся из мертвых, все еще находится в довольно непригодном состоянии).
Отказ от ответственности: я вообще не использовал Unity3D, поэтому мои слова об этом могут быть совершенно неверными.