Я предполагаю, что это приложение WinForms.
Попробуйте это в событии Form.Load:
private void Form1_Load_1(object sender, EventArgs e)
{
panel1.BackColor = Color.FromArgb(0, 0, 0, 0);
}
где panel1 - панель, которую вы хотите сделать прозрачной.
Это сделает цвет прозрачным. На панели могут быть другие элементы управления.