Я не совсем уверен, чего именно вы хотите достичь ... но с командной строкой ImageMagick вы бы применили медианный фильтр, подобный этому:
convert a.jpg -median 0 b.jpg
convert a.jpg -median 1x1 b.png
convert a.tif -median 2x2 b.tif
[...]
convert a.jpg -median 5x3 b.jpg