Я не думаю, что состояние узлов навигатора является частью состояния рабочей области, сохраняемой при закрытии.
Гораздо более безопасным (более мощным) решением было бы использование Mylyn
Вы можете фокусировать виды навигатора (например, Package Explorer, Project Explorer, Navigator), переключая кнопку «Focus on Active Task» на панели инструментов.
При фокусировке в представлении отображаются только те ресурсы, которые «интересны» для текущей активной задачи .
Поэтому, когда вы вновь открываете свое рабочее пространство и выбираете задачу для работы, отображаются только соответствующие классы / методы в том состоянии, в котором они были оставлены.