Время анализа SQLite не так уж много (вы можете амортизировать его по многим запросам), если только вы не подставляете значения в запрос SQL вручную. Замена вручную - тяжелая работа, неловкая, медленная и, вероятно, небезопасная. Вместо этого вы должны использовать связанные параметры, чтобы вы могли делать вещи более напрямую (см. http://www.sqlite.org/c3ref/bind_blob.html для соответствующего API).
Обратите внимание, что если вы переключитесь на другую базу данных, у вас возникнет та же проблема; Вы можете получить высокую скорость из любой системы SQL, используя связанные параметры. (И подумайте, не слишком ли сильно потеют над производительностью; узкие места, где он попадает в хранилище, являются узким местом…)