Если вы создаете приложение с нуля, я бы рекомендовал использовать пакет фреймворка PHP MVC, такой как CakePHP или CodeIgniter. Они оба включают уровень абстракции базы данных, который нормализует стандартную функциональность базы данных и удерживает вас от необходимости писать операторы SQL. Прелесть этого в том, что он также позволяет вам позже изменить свой тип БД с MySQL, скажем PostgreSQL, с простым изменением конфигурации.
Если вы не можете использовать MVC, проверьте ADODB, который является отдельным классом абстракции базы данных:
http://adodb.sourceforge.net/