Самый простой способ сделать то, что вы хотите, это скопировать и вставить.
Сохраните все свои данные и выйдите из JDev. Это не обязательно, но это всегда хорошая идея с JDev.
Скопируйте свое дерево в новое место и откройте его в JDev. Все должно быть в нужном месте. Это скопирует файлы, которые вы хотите исключить, но вы можете написать ant-скрипт для их удаления или просто игнорировать их.