Если вы застряли в этой структуре, я бы сказал, придерживайтесь того, что вы там делаете. Но комментарий может быть хорошим.
Если вы можете переставить вещи, почему бы не вложить их?
$tom = array('aa','bb','cc');
$sally = array('xx','yy','zz');
$myArrays = array(&$tom, &$sally); // store the actual arrays, not names
// note the & for reference, this lets you modify the original array inside the loop
foreach($myArrays as &$array) {
$array[] = 'newElement';
}