jQuery хорошо совместим с предыдущими версиями. Я использую его уже более двух лет в нескольких версиях ядра, и у меня не было проблем при обновлении, за исключением нескольких мелких с некоторыми плагинами. Я бы сказал, что с ядром все в порядке, но если вы используете много плагинов, вы можете столкнуться с некоторыми проблемами (но их обычно легко исправить, или в новом ядре эта функциональность встроена, так что вы можете просто удалить их).