Заметили ли вы, что предупреждение останавливает движок JavaScript, пока пользователь не нажмет OK.
Если вы не хотите, чтобы он завис, не используйте оповещения.
Для отладки с помощью firebug:
console.log("bla bla bla");
Для неблокирующих всплывающих окон:
сделать скрытый div с кнопкой ОК. Когда всплывающее окно должно быть показано. Поместите div видимым. Когда пользователь нажимает «ОК», его скрывают.
Я бы посоветовал вам не использовать всплывающие окна. Это также нарушает «рабочий процесс» (что означает концентрацию пользователя) пользователя за экраном:)