Я думаю, можно с уверенностью сказать, что не существует широко используемых де-юре или де-факто стандартных диаграмм и типов диаграмм, используемых для того, что вы хотите. Я склонен, когда мне нужно, использовать MS Visio. В Linux я сначала посмотрю на GraphViz и, возможно, PGF & TiKZ .
Что касается того, как рисовать диаграммы, я обычно начинал с ближайшего приближения, которое я мог найти в одном из учебников или статей, касающихся моего офиса. Введение в параллельные вычисления от Grama и др. содержит несколько хороших диаграмм. Вы можете узнать, используя Google, такие термины, как «анимация алгоритмов» или «визуализация алгоритмов».