Форма, которая была включена Reader, должна быть сохранена в режиме добавления, чтобы продолжить работу как таковую. PdfCopyFields создает новый PDF с нуля.
Чтобы это работало, вам придется продублировать большую часть кода PdfCopyField через набор PdfStamper для добавления. Ура для открытого исходного кода.
И помните, что iText 5.x - это AGPL. Любой, имеющий доступ к выходу программы, должен также иметь доступ к источнику.
(именно поэтому многие люди до сих пор используют 2.1.7)