Я предполагаю, что вы имеете в виду, что вы не можете запустить "make зависящий", потому что Make препятствует попытке включить файл, который не существует. Если вы используете GNUMake, вы можете использовать -include:
-include .depend
Это будет включать файл, если он существует, но продолжит без ошибок, если он не существует.
(я слышал, что sinclude делает то же самое в некоторых других версиях Make.)