Как уже говорили другие, продолжайте с VS2008 (2010 не будет ориентирован на CF). Я работал над WinCE 6, ориентируясь на .Net 2.0CF и 3.5CF. 2010 не вариант (к сожалению), но по крайней мере 2008 дает вам возможность использовать .Net 3.5, который имеет много функций, без которых я не смог бы жить (например, linq).
VS2008 стабилен и является определенным шагом по сравнению с 2005 годом. Я уверен, что в 2008 году все еще был эмулятор. Мы никогда не использовали его, так как система не работала на эмуляторе в тот момент, но я смутно помню, как он появился, когда я не нацелился на реальное устройство.