Вместо того, чтобы пытаться игнорировать статус «удалить», я бы:
- не удалять каталог и те файлы в нем
- разделить репозиторий Git на два , эффективно отсоединив подкаталог для удаления в отдельный репозиторий Git.
- Продолжайте с основным репозиторием Git.
Примечание: это может быть несовместимо с репозиторием Git, в настоящее время синхронизированным с репозиторием SVN.