Короче говоря, нет. JUnit способ справиться с этим - абстрагировать создание потока и передать в тест фиктивный.
JUnit - это тестирование белого ящика, а не тестирование черного ящика нескольких потоков. Конечно, это можно сделать, но такие проблемы будут болезненными. К счастью, есть библиотеки, которые могут помочь с этой проблемой. Одна такая библиотека ConcoJUnit .