Можно ли использовать .Net с любого языка в C ++ в неуправляемом приложении со 100% чистотой?
Нет, это не так. Использование управляемого кода требует, чтобы CLR был в процессе.
Можно ли использовать .Net с любого языка в C ++ в неуправляемом приложении, которое специально не запускает CLR?
Да. Управляемый код можно использовать через COM Interop. В этом случае нативный код не должен знать, что CLR находится в процессе. Это создаст COM-объекты, как если бы они были определены в C ++ и не знали бы разницы.