Вы пробовали использовать индексированные параметры, т.е.
<g:checkBox name="table[${index}].property" value="${tableInstance.property}" />
У меня были некоторые проблемы с этим, и несколько решений, описанных в этом вопросе Обратите внимание, что это было в Grails 1.0.4 - возможно, что эти проблемы исчезли в последних версиях.