Это много вопросов. Я отвечу на них отдельно.
Каков наилучший способ создания счетчиков посещений посетителя jsp?
A Filter, который прослушивает url-pattern, соответствующий интересующим запросам. Может быть *.jsp?
лучше использовать txt файл и сохранить значение попадания в файл или создать таблицу в базе данных ???
База данных определенно быстрее. Если у вас нет или вы не можете себе это позволить, тогда используйте текстовый файл. Будьте осторожны, не сохраняйте его внутри веб-приложения, а извне в другом месте в файловой системе локального диска. В противном случае оно будет потеряно при повторном развертывании веб-приложения.
или использовать сеанс / cookie для подсчета пользователей, которые посетили сайт?
Используйте это только для подсчета количества пользовательских посещений во время пользовательского сеанса. Не используйте это для подсчета общего количества посещений или всякий раз, когда вы заботитесь о значении файла cookie, которым нужно манипулировать.