Для каждого запроса (т. Е. С точки зрения производительности загрузки страницы, равной ТОЛЬКО одной странице), вы получаете небольшую производительность, разделяя файлы. Но, глядя на производительность, вы получаете повышение производительности при загрузке нескольких страниц, использующих один и тот же JS или один и тот же CSS. В этих случаях содержимое JS / CSS загружается только один раз для всех запросов.
Хотя вы не задавали это как часть своего вопроса, это также помогает сопровождению кода. Если вы вносите одно изменение в свой CSS, и оно загружается на нескольких страницах, если вы встраиваете JS / CSS в страницу, то вы должны внести одно и то же изменение во все свои страницы.