Во втором пакетном файле в качестве последней строки укажите GOTO: EOF вместо EXIT
первый файл:
ECHO. FIRST FILE
CALL file2.bat
ECHO. FIRST FILE AGAIN!
PAUSE
файл 2:
ECHO. SECOND FILE
:: your stuff here
GOTO:EOF
будет отображаться (результаты с отступом, чтобы его было легче читать:
C:\Windows\System32> ECHO. FIRST FILE
First File
C:\Windows\System32> CALL file2.bat
C:\Windows\System32> ECHO. SECOND FILE
Second File
C:\Windows\System32> GOTO:EOF
C:\Windows\System32> ECHO. FIRST FILE AGAIN!
First file again!
C:\Windows\System32> PAUSE
Press any key to continue...