Вы не можете сделать это с Heroku - система предполагает одно приложение на домен. У вас есть несколько вариантов - объединить ваши приложения в одно приложение, соответственно настроив маршрутизацию, или разместить приложения с использованием поддоменов: app1.domain.com, app2.domain.com.