Одна и та же группа объектов означает, что объекты имеют общий родительский объект.
Два объекта верхнего уровня никогда не находятся в одной и той же группе объектов.
Есть идеи как это исправить?
Самый простой способ - ослабить требования к транзакции. В вашем случае это означало бы удаление сущностей PersistentLogin по одной (цикл с максимальным усилием, удаляйте как можно больше, повторяйте ошибки, без гарантии атомарности).
Если вы хотите поместить PersistentLogin для одного и того же пользователя в одну и ту же группу сущностей, вам нужно будет внести довольно большие изменения в модель данных, что окажет неопределенное влияние на общую производительность.
В нереляционных базах данных вы должны кодировать свое приложение, не полагаясь на транзакции в хранилище данных. Они просто не поддерживают их настолько, насколько мы привыкли.