Если вы пытаетесь перерисовать внешнее окно (это может быть не окно GTK), вы можете использовать
w = gdk.window_foreign_new(window_id)
чтобы получить объект окна gdk из дескриптора окна операционной системы, а затем использовать
w.reparent(parent_window, x, y)
переписать его в существующий контейнер gtk.