В apache вы настраиваете это с помощью файлов .htaccess и .htpass. Этот сайт будет генерировать файлы для вас: http://www.htaccesstools.com/htpasswd-generator/
В IIS есть некоторые настройки в разделе «Безопасность каталогов» (я думаю), но я не могу точно вспомнить, как это работает.
Что касается вашей конкретной проблемы с Google Checkout ... Я не уверен, что именно вы имеете в виду, вы не предоставили много информации ...