Смотрите заголовок. Reflection.Emit, кажется, больше о создании новой динамической сборки, а не о загрузке существующей сборки и проверке ее IL.
Общая инфраструктура компилятора
Reflector делает это, и в прошлый раз, когда я проверял, Reflector все еще может проверять (т.е. разбирать) сам таким образом, поэтому он покажет вам, как именно он работает.