Разные процессы в Windows, безусловно, могут работать в разных средах. Если ваш процесс использует переменную среды TZ для определения своего часового пояса, вы можете просто установить эту переменную среды отдельно перед запуском каждого процесса.
Библиотека времени выполнения C (например, localtime ) использует переменную среды TZ, а Win32 API (например, GetLocalTime ) - нет. Поэтому, в зависимости от того, как ваше приложение определяет местный часовой пояс, этот метод может работать, а может и не работать.