Это связано с известной ошибкой во Flash, которая отправляет файлы cookie IE независимо от браузера, в котором размещается плагин, тем самым нарушая схему аутентификации / авторизации.
Здесь - это обходной путь на основе asp.net. Он написан просто и может быть легко перенесен в вашу среду.