Я знаю, что вы имеете в виду; Matisse (редактор GUI NetBeans) позволяет перетаскивать самосборные контейнеры (например, JPanels) в другие контейнеры (например, JFrames), но любые последующие изменения в первом не будут отражены в последнем. Насколько я знаю, так оно и есть, к сожалению.
Это одна из причин, по которой, я думаю, Матисс можно использовать только для быстрого прототипирования и игры. Для чего-либо серьезного, графический интерфейс должен быть закодирован вручную.