Я не могу попробовать прямо сейчас, но вы не можете использовать этот синтаксис
INSERT INTO table (a,b,c) VALUES (1,2,3),(4,5,6)
ON DUPLICATE KEY UPDATE c=VALUES(a)+VALUES(b);
из руководства ?
Думаю, ваш синтаксис будет выглядеть так:
INSERT INTO tbl_name
(key_id,field1,filed2)
VALUES
(1,2,3),
(1,5,6),
(1,8,9)
ON DUPLICATE KEY
UPDATE field1=VALUES(field1), field2=VALUES(field2);