Посмотрите на этот отчет об ошибках в Microsoft Connect:
https://connect.microsoft.com/IE/feedback/ViewFeedback.aspx?FeedbackID=434706
Если вы используете IE8, это может быть проблемой.
Для тех, кто пытается воспроизвести проблему, важно отметить, что затрагиваются только флажки, состояние которых изменилось после загрузки страницы.
EDIT :
Я успешно воспроизвел это на IE версии 8.0.6001.18865. На вкладке prefs в stackoverflow я нажал «Скрыть пропущенные теги». Когда я печатал страницу, флажок не появлялся.