Есть несколько простых способов исправить это, но этот должен обеспечить хороший эффект для того, что вы хотите:
$("#yourtrigger").hover(function(){
$("#div").stop(true).fadeTo( "fast", 1.0);
}, function(){
$("#div").fadeOut( "fast" );
});
Важно не использовать fadeIn
с этим методом, так как он через некоторое время прекратит исчезать из-за того, как jQuery отслеживает то, что он должен "исчезнуть".