Я не знаю, существует ли такой инструмент, но Java поставляется с хорошим набором инструментов для создания собственных программ для обработки аннотированных классов. Инструмент обработки аннотаций (APT) упрощает обработку аннотаций. Я подозреваю, что вы используете небольшое подмножество аннотаций EJB3, поэтому вам не нужно поддерживать всю спецификацию. Вы могли бы даже написать быстрый процессор, чтобы обнаружить все аннотации, которые вы используете, и сообщить о них, чтобы у вас был чистый список аннотаций, которые вам нужно было обработать.
Ant также как задача apt , которая может упростить процесс.
Если вы в конечном итоге взяли это на себя, даже если ваша реализация не завершена (т.е. она не охватывает все возможные аннотации / опции EJB3), возможно, стоит опубликовать код где-то вроде Google Code чтобы другие могли извлечь выгоду и, возможно, расширить инструмент для поддержки более широких возможностей.