Самое вероятное, что вы используете разные взгляды и ощущения для каждой платформы. Если вы разрабатываете в Windows, вы делаете макеты, соответствующие только стилю Windows. Но у Linux разные L & F с разными полями и шрифтом для компонентов GUI. Металлический стиль (базовый для Linux) и его потомки (Nimbus и GTK +) имеют больший системный шрифт и высоту для компонентов. Я думаю, это должно быть причиной, почему у вас есть сдвиги.
Способ исправить это - проверить программу на обеих платформах. Я бы посоветовал разрабатывать в стиле Metal, потому что в Windows шрифты меньше, поэтому все, что подходит для Metal, подойдет для Windows.