Я не знаком с MySQL, но для Postgres вы можете сделать что-то подобное в своем файле миграции:
class CreateCustomers < ActiveRecord::Migration
def self.up
create_table :customers do |t|
t.string :name
t.timestamps
end
execute "SELECT setval('customers_id_seq', 1000);"
end
Обратите внимание, что вызов метода execute выполняется вне блока create_table.