Что касается аппаратного обеспечения, Int64 будет более эффективен на x64 и IA64, чем на x86, потому что 64-разрядные процессоры имеют 64-разрядные регистры для выполнения операций над ними.
Int32 будет одинаково эффективен на всех x86, x64 и IA64.
На x64 и на IA64 одинаково эффективны Int32 и Int64.
На x86 Int32 будет более эффективным, чем Int64.
Что касается самой ОС, я не думаю, что вы увидите каких-либо дополнительных проблем с производительностью, кроме упомянутых выше результатов производительности.