У вас есть только одно совпадение, поэтому вам нужно использовать 0-е совпадение (массив, начинающийся с нуля). Кроме того, он вернет все совпадение, поэтому, если вам нужен только номер, вам нужно удалить текст comment-
из него.
$(document).ready(function(){
$(".link").click(function(){
var comid = $(this).parents("div.comment")
.attr("class")
.match(/comment-[0-9]+/)[0]
.replace('comment-','');
$(".link").replaceWith(comid);
});
});
Если существует вероятность того, что совпадения не будет, вы захотите присвоить совпадения переменной и выполнять замену (и) только в случае совпадения (переменная не равна нулю).