Есть разные мнения. Однажды мне сказали, что я не должен помещать файлы проекта в VCS, но затем файлы проекта добавляются в хранилище (не случайно).
Многие проекты с открытым исходным кодом имеют файл проекта в VCS. Я думаю, что это может быть хорошей практикой, если одна конкретная среда разработки предлагается в другом случае, разработчики, вероятно, должны позаботиться о файлах проекта самостоятельно.
Maven может генерировать файлы проекта (наконец-то для Eclipse)