Чтобы PNG работали в IE6, они отображаются в стиле фильтра. Очевидно, что скрипт принимает размер элемента, чтобы установить размер изображения. Заполнение включено в размер, поэтому изображение будет также охватывать заполнение.
Вы можете попробовать использовать margin вместо padding. Поля не включены в размер элемента.
Другим решением может быть добавление еще одного элемента вокруг изображения и применение к нему отступа.