Да. Что касается системы, это два разных файла. AFAIK, у вас не может быть файла в GAC, и он должен быть одновременно в случайной папке на целевом компьютере.
Теоретически, если он находится в GAC, он вам не нужен в каталоге продуктов. Если он находится в GAC, это будет загруженная версия, а не та, которая находится в каталоге продукта. Однако, это становится сложнее, если вам нужно, скажем, зарегистрировать его для COM-взаимодействия. Я могу ошибаться, но когда я пытался, мне приходилось иметь оба: один в каталоге, другой в GAC.
Но на самом деле, вам, вероятно, не нужно это в GAC, если вам это нужно в каталоге продукта. Если он загружается из любой программы в любом месте, всегда, то GAC - достойное место для этого. Если вы помещаете это в взаимодействие GAC For COM, это не нужно; если зарегистрировать его, указав на папку, которую вы установили, она будет работать нормально, если у вас правильно настроен installshield.