вы можете использовать nio.Buffer или jna.Pointer для передачи буфера вывода, что-то вроде:
invokeString(new jna.Memory(4097), 4097)
getcwd вернет символ * во входной буфер, поэтому jna будет маршалировать возврат в строку
для поддержки более длинных путей, вы можете взять дополнительную длину
в Java, новый файл ("."). GetAbsolutePath () может получить текущий путь, поэтому вам может не понадобиться getcwd ...