Предполагая, что вы имеете в виду, оставьте значение без изменений, когда с нулями встречается "Я хотел бы, чтобы запись была удалена, если с нулем встречаются."
UPDATE TableA
SET Value = isnull(a.Value * b.AnotherValue, a.value)
FROM TableA AS a
INNER JOIN TableB AS b
WHERE (Condition is true);
Если вы действительно хотите удалить строки и используете SQL 2008 или более позднюю версию, попробуйте оператор слияния.
MERGE TableA AS target
USING TableB as source ON (target.ID = Source.ID)
WHEN MATCHED AND TableB.AnotherValue Is Null THEN DELETE
WHEN MATCHED THEN UPDATE SET target.Value = Target.Value * Source.AnotherValue;