Вам необходимо создать GLSurfaceView и установить его EGLConfigChooser следующим образом:
glSurfaceView.setEGLConfigChooser(8, 8, 8, 8, 16, 0);
затем установите формат держателя на полупрозрачный
glSurfaceView.getHolder().setFormat(PixelFormat.TRANSLUCENT);
и добавьте GLSurfaceView и MapView к макету
setContentView(glSurfaceView);
addContentView(mapView, new ViewGroup.LayoutParams(ViewGroup.LayoutParams.FILL_PARENT, ViewGroup.LayoutParams.FILL_PARENT));
наконец, в вашем рендере вам нужно установить прозрачный цвет, чтобы он был прозрачным
gl.glClearColor(0, 0, 0, 0);