Вы должны обработать событие DropDownOpening элемента меню и удалить ненужный элемент из списка. Примерно так:
MenuStrip ms = new MenuStrip();
ToolStripMenuItem windowMenu = new ToolStripMenuItem("Window");
ms.MdiWindowListItem = windowMenu;
windowMenu.DropDownOpening += (sender, e) =>
{
if (windowMenu.DropDownItems.Count > 0)
windowMenu.DropDownItems.RemoveAt(0);
};
ms.Items.Add(windowMenu);
ms.Dock = DockStyle.Top;
this.MainMenuStrip = ms;
this.Controls.Add(ms);