Я бы порекомендовал отдельное git-репо для каждого подмодуля.
Лучше всего для распределенного управления исходными кодами иметь один проект на репозиторий. Одна из причин - минимизировать объем хронологических и метаданных, которые вы должны синхронизировать при клонировании репо.