Я быстро просмотрел данные и описание того, что они содержат , я не думаю, что практично хранить эти данные в дисковых файлах, если вы хотите извлечь из них информацию. Возможно, вам было бы лучше спроектировать пару простых таблиц базы данных, в которых будут храниться эти данные, и запросить эту базу данных, чтобы получить данные для ваших расчетов, возможно, с помощью JPA.
Библиотека, которая может помочь вам разобрать файлы данных: JFileHelpers , она значительно упрощает работу с файлами фиксированной ширины и с разделителями.
Надеюсь, это поможет вам начать.