Если это 777, это означает, что любой пользователь, имеющий учетную запись в системе, или любое приложение, работающее в системе (включая скрипты PHP, даже те, которые принадлежат другим, кроме вас), могут изменять файл любым способом.
Так что, да, возможно, кто-то возился с файлом. Возможно, это была ошибка в вашем PHP-скрипте, которая удаляла число?
Если вы можете сделать это, было бы лучше уменьшить права доступа до чего-то более ограничительного, например 644. Это все равно будет работать, если скрипт PHP, который обращается к файлу, выполняется от имени того же пользователя, которому принадлежит файл. Многие веб-хосты настроены таким образом, так что вы можете сделать это. 644 означает, что владелец файла может читать и писать в него, в то время как другие могут только читать.