Вы можете использовать соединение Odbc и методы ExecuteReader / ExecuteNonQuery для переноса данных из одного в другое.
Настройка двух соединений, по одному на каждую базу данных Access. При первом выполнении выберите select, чтобы получить необходимые данные, затем сформулируйте данные в виде вставки, которую можно запустить с помощью ExecuteNonQuery для вставки в другую.
В зависимости от потребностей, вы также можете использовать DataSet, но я обычно не использую их.